Abrió sus puertas al público el 6 de junio de 1940, en el edificio que fue la primera casa de gobierno construida en el siglo XVI, fue restaurado en 1999 bajo un Plan Maestro de recuperación del Centro Histórico de Comayagua; consta de 9 salas de exposición permanente y una sala de exposiciones temporales que cada dos meses cambia de temática. En el área de exposición permanente conocerá la evolución histórica de la zona central de Honduras, desde la era paleontológica, periodo del que exhibe fósiles de un Megaterio (Oso Perezoso gigante), recorrerá los períodos arcaicos con la recreación de la Cueva del Gigante habitada en el año 9,000 A.C probablemente por hombres Proto Lencas, el período formativo de la cultura Lenca con su máximo exponente el sitio arqueológico de Yarumela, aldea prehispánica más antigua descubierta en Honduras habitada desde el año 2,000. A.C en la sala dedicada a este período apreciará cerámica monocroma característica de la época, además, la recreación de un entierro. Del período clásico encontrará muestras de cerámicas policroma de los diferentes asentamientos Lencas documentados por el Instituto Hondureño de Antropología e Historia en el valle de Comayagua, también, apreciará una exquisita colección de pectorales de jade producto del proyecto de salvamento del sitio Iglesia Salitrón Viejo o cuenca El Cajón. Recorrerá en dos salas el periodo colonial con muestras de escultura, pintura, cerámica, y la recreación de una habitación de este período. Se encontrará en la sala republicana con objetos que pertenecieron a expresidentes y con mobiliario de la primera casa presidencial del país, en los corredores parte de la primera imprenta traída al país en 1828 por el General Francisco Morazán. El museo le muestra el patrimonio inmaterial de la zona, como los Guancascos, comidas y bebidas tradicionales, el baile de los Diablitos y la celebración de la Semana Santa en Comayagua con sus tradicionales alfombras de aserrín multicolor. Además cuenta con área denominada el rincón educativo destinado para impartir diversos talleres y actividades donde el visitante a la vez puede aprender e interactuar, también se cuenta con un pequeño souvenir.